忽必烈对待宗教的政策，佛教因他的偏袒而明显受益
元朝对一切宗教都很宽容，孛儿只斤.忽必烈在1279年一度恢复了成吉思汗关于屠杀牲畜的规定—一这一规定是与穆斯林习俗相违背的——和一度表现出极端反感《古兰经》所强加给穆斯林的那些对“异教徒”发动“圣战”的义务。此外，他对佛教徒的同情，使他在短时期内对佛教徒的老对手——道士们表现了几分个人敌视。
的确，佛教因他的偏袒而明显受益。他正是以这种面貌而被载入蒙古传说的。虔诚的佛教徒、蒙古史家萨囊彻辰甚至给忽必烈冠以呼图克图（qutuqtu，崇敬的、神圣的）和查克拉瓦蒂（Chakravartin，在佛教词汇中是“宇宙之君主”）这些称号。甚至在他继位前，即蒙哥统治时期，他就在上都府召集了一次佛教徒与道士的辩论会（1258年），结果，佛教徒获胜。在这次著名的论战中，那摩（曾出席过蒙哥举行的宗教辩论会）和年轻的吐蕃喇嘛八思巴阐述了佛教教义。像在1255年的辩论会上一样，他们指控道士们散布流言，歪曲了佛教起源史，把佛教贬成仅仅是道教的附庸。这次论战之后，忽必烈颁布法令，焚毁道藏伪经，迫使道士们归还从佛教徒手中夺得的佛寺（1258年、1261年、1280年和1281年法令）。马可·波罗记载，忽必烈继任皇帝后，他曾举行隆重仪式接受锡兰王送给他的一件佛骨。
忽必烈在佛教事务中的主要助手是吐蕃喇嘛八思巴，他大约生于1239年，很可能死于1280年12月15日。八思巴是著名梵学家萨斯迦的侄子和继承人。主管乌斯藏的萨斯迦寺庙。忽必烈曾派人到吐蕃请他，忽必烈任用他以便使蒙古人皈依佛教和确保吐蕃的藩属地位。忽必烈封他为国师，借用古代中国佛教中的这一称号。忽必烈于大约1264年左右将吐蕃纳入他的政治－宗教统治之下。直到当时，蒙古人还不知道除畏兀儿字以外的其他字母。1269年，八思巴按忽必烈的命令为蒙古人创造新文字，被称为都尔巴金（durbaljin），或称方体字，它是受藏文字母的影响。然而，伯希和认为对八思巴在创造新文字上的作用有些估计过高；无论如何，这些方体字只是暂时流行，因为蒙古人继续使用模仿畏兀儿字母的文字（只是在书写方式上有所不同，有更多的角形字），这种文字已成为他们的民族文字。收藏于法国国立档案馆的蒙古大臣手稿正是用畏兀儿文字写成的。在这一点上，伯希和指 出，畏兀儿文有其不足之处，它仅仅是不完全地表达13世纪蒙语的语音，用畏兀儿文区别不出“o”音和“u”音，发不出词首“h”的音等等。同样，对颚音而言，畏兀儿字母也没有八思巴字母丰富。
在忽必烈的继承者中，大多数人与忽必烈一样是虔诚的佛教徒。首先是他的孙子铁穆耳，他在忽必烈之后行使统治（1294－1307年在位）。然而，忽必烈的另一个孙子阿难答（Ananda，尽管其名字实属佛教徒的梵文名）是倾向于伊斯兰教。“他能熟悉《古兰经》，并擅长于阿拉伯文”，他是唐兀惕地区（宁夏）的长官，是唐兀惕境内伊斯兰教的热情宣传者。铁穆耳企图使他转而皈依佛教，一度曾徒劳地囚禁过他。铁穆耳死时（1307年2月10日），阿难答企图夺取王位，但是，他的侄儿海山获得了王位，并处死了他。海山在统治时期（1307年6月21日－1311年1月27日）内表明自己是一位虔诚的佛教徒，他使许多佛教戒律写本被译成蒙古文。中国儒学家指摘他偏袒喇嘛，很可能是对这种偏袒的一种反应，行政机关撤销了佛教徒和道士直到当时一直享受的财产豁免权。在忽必烈的重孙、也孙铁穆耳统治时期（他从1323年10月4日继任皇帝，至1328年8月15日去世），大臣张圭代表儒生公开抗议尊崇喇嘛。陕西尤其是吐蕃佛僧们常去的地方。一份当时的报导说：“曾见西番僧佩金字圆符，络绎西部各省，城镇旅社容不下，而住进民房，驱逐房主，趁机奸污妇女。不满足淫逸，他们又夺民仅有的钱财。必需采取措施阻止公开的吸血者，他们比收税人更加残酷”。也孙皇帝不得不对喇嘛进入中国加以控制。
汉族文人们认为蒙古王朝应该对他们实施的过度的佛教“教权主义”负责，它无疑是王朝衰落中起作用的一个因素。然而，佛教对忽必烈家族的异乎寻常的影响，在中国土地上的突厥-蒙古各代的历史上并不是什么新鲜事。同样的事情在4世纪末著名的苻坚和在6世纪初最后一批拓跋人身上都发生过。佛教最初是使这些粗鲁的野蛮人变得较为温和仁慈，后来使他们变得迟钝，最后使他们失去了自我保护的本能。于是，具有悠久儒教传统的中国忍受了这些可怕的主人，它看到了这些君主渐渐地失去了危害，它或者是把他们同化，像拓跋人的情况；或者是把他们赶出境，像对待成吉思汗的后裔一样。如果忽必烈家族信奉了伊斯兰教——就像如果1307年阿难答获得成功所发生的情况那样——形势会是更加严重。伊斯兰教的胜利对古老的中国文明将是可怕的一击。在中国历史的长河中，威胁着中国文明的两次大危险可能是1307年的阿难答的争位和由于发动者于1404年去世而幸免了的帖木儿汗国的进攻。