清朝三征噶尔丹，康熙两次统兵亲征噶尔丹
准噶尔部妄图一统蒙古
当年索额图奉命率领边界谈判代表团赴俄谈判，刚出长城不久，因道路受阻，不得不中途折回，其原因就是喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古两部开战。
那时蒙古分作三大部：长城以北，大漠以南的称漠南蒙古，也叫内蒙古，共有二十四个小部落，归附清朝后划为四十九旗；大漠以北的土谢图、扎萨克图、车臣是外蒙古，也叫喀尔喀蒙古；天山以北阿尔泰山以西称为厄鲁特蒙古，有准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四个部落。如今打仗的就是喀尔喀和厄鲁特。他们同清朝本来一直保持着臣属关系。
厄鲁特蒙古的四个部落中，以游牧于新疆伊犁一带的准噶尔部最强盛，首领叫噶尔丹，康熙十年(1671)自立为汗，对邻近部族攻伐兼并，控制了青海和西藏，征服了天山南路的维吾尔族和巴尔喀什湖以西的哈萨克族，如今又想一统蒙古高原。
严历警告噶尔丹
康熙帝知道噶尔丹的野心，只是当时用兵的地方多，腾不出手来，加之这家伙表面上装得相当恭顺，纳贡称臣，一再表白与清廷“一道同轨，不敢妄行”，一时抓不住把柄收拾他。如今他里通外国搞分裂的行径越来越明显，甚至配合罗刹国扰乱我喀尔喀蒙古各部的抗俄斗争，康熙帝这才觉得不能掉以轻心了。
不久，康熙帝又接到喀尔喀蒙古三部数十万众被噶尔丹打败，逃到内蒙古请求保护的报告，他一面派理藩院尚书阿尔尼带着人前去慰问，开仓赈济，妥善安置；一面派使者谕令噶尔丹，不得无故兴兵，从速退回自己地域。
此时的噶尔丹已十分嚣张，哪里还肯俯首听命？他已计划打着追喀尔喀人的旗号，挥戈南下向清朝进攻了。
史无前例的骆驼城
阿尔尼见军情紧急，立即组织喀尔喀蒙古兵马抵抗。不料中了噶尔丹的圈套，损兵折将。康熙帝见阿尔尼兵败，便决定亲征。康熙二十九年(1690)夏，他命裕亲王福全为抚远大将军，率兵为左翼，出长城古北口；恭亲王常宁为安北大将军，率兵为右翼，出长城喜峰口先行，向噶尔丹杀去。自己也出北京巡幸边塞，不料到博洛和屯(河北隆化)因患重感冒，只得暂且回銮。
兵出长城，恭亲王在乌朱穆秦出师不利，初战失败，噶尔丹竞乘胜越过西剌木伦河，抢占了乌兰布通峰。乌兰布通峰距离北京仅七百里，铁骑数日便到，形势顿时紧张。康熙帝马上改命康亲王杰书为安北大将军，屯兵归化，堵住噶尔丹退路，下令裕亲王急进拦截，自己带着大军日夜兼程，赶去围剿。两军对阵，噶尔丹将一万头骆驼缚住脚，驼背上叠加箱垛，盖着湿毡，环列如栅，称为驼城，以此抵御清军进攻。清军隔河列阵，设鹿角枪炮，由南向北徐徐椎讲。
攻击开始了。清军的鸟铳、火炮一顿猛射，子母弹、铁心弹呼啸着飞向驼城，雷鸣般炸裂开来。骆驼怎经得起这等轰击?顿时血肉横飞，尸骸狼藉。驼城垮了，清兵乘势冲杀过去，准噶尔军拼命抵抗，终究敌不过清军的大规模进攻。
两天后，清军将噶尔丹追赶到沼泽后面的山上包围起来。噶尔丹使出缓兵之计，派人至清营求和。清军统帅部竟然相信了他的鬼话，令各路兵马暂勿进击，以待后命。这样一来，一鼓作气的清军士气松弛下来。噶尔丹利用一个漆黑的夜晚，悄悄渡过萨里克河，穿过大碛山，溜走了。
两次统兵亲征
噶尔丹逃到漠北，只剩下了几千人马。他不甘心就此失败，决定重整旗鼓，卷土重来；一面又派人去罗刹国向沙皇乞求援助。
康熙帝知道噶尔丹野心不死。又于三十五年(1696)、三十六年两次统兵亲征，打得噶尔丹走投无路。手下只有五六百人马，粮草全无，日日靠杀战马充饥。这一年的三月，噶尔丹病死，余部投降。喀尔喀蒙古三部的几十万人马又重回到他们的漠北故乡，中国北部和西北部这才恢复了安宁。