魏源主张
革新变法
魏源是一个进步的思想家、史学家和坚决反对外国侵略的爱国学者。他积极要求清政府进行改革，强调：“天下无数百年不弊之法，无穷极不变之法，无不除弊而能兴利之法，无不易简而能变通之法。”他着重于经济领域的改革，在鸦片战争前后提出了一些改革水利、漕运、盐政的方案和措施，要求革除弊端以有利于“国计民生”，认为“变古愈尽，便民愈甚”。这些主张不仅在当时具有进步意义，对于后来的资产阶级变法维新运动起了积极的推动作用。
反对侵华
魏源坚决反对西方资本主义的侵华活动，提出了反侵略的主张与办法。他对人民群众的力量有一定的认识，同林则徐“民心可用”的观点相一致，提出“义民可用”的主张。他从三元里和台湾等地人民抗英斗争中得到鼓舞。在三元里人民痛击英国侵略者之后，他满怀激情地以“同仇敌忾士心齐，呼市俄闻十万师”，“前时但说民通寇，此日翻看吏纵夷”的诗句，热情讴歌三元里人民的抗英斗争，愤怒声讨投降派为侵略军解围的可耻行经，并在《海国图志》中写道：“三元里之战，以区区义兵，围夷酋，斩夷师，歼夷兵，以欵开网之而逸，孰谓我兵陆战之不如夷者？”又说“广东之斩夷首，捐舰者皆义民”，“两禽夷舶于台湾，火攻夷船于南澳者亦义民”。他主张利用和依靠人民群众作为抵抗外来侵略的主要力量，与投降派“防民甚于防寇”的反动政策形成鲜明的对照。
为了有效地进行抵抗，他反对“浪战”，而主张“以守为战”。他总结鸦片战争的经验教训，提出“自守之策二：一曰守外洋不如守海口，守海口不如守内河；一曰调客兵不如练土兵，调水师不如练水勇”，主张采取诱敌深入的策略，“设阱以待虎，设以待鱼”，以歼灭来犯者。这种相信熟悉情况的当地人民群众，发挥他们的长处和抗敌的积极性来组织反侵略武装力量，并采取机动灵活的战略战术，是切合于当时敌强我弱，敌寡我众的客观实际的，也是完全可行的。
兴办实业
魏源同林则徐一样，是鸦片战争时期“睁眼看世界”，最有眼光的人物。他既坚决反抗侵略，又重视了解和学习西方的科学技术，作为对付侵略的重要方法。他在《海国图志》中很好贯彻并发挥了林则徐了解和学习西方的思想和做法，提出了“师夷长技以制夷”的正确口号，认为“善师四夷者，能制四夷；不善师外夷者，外夷制之”，把学习西方的“长技”提高到关系国家民族安危的大事来认识，使之在当时社会上发生了振聋发聩的重大影响，针对当时封建顽固派把西方先进的工艺技术一概目之为“奇技淫巧”的无知，他指出，“有用之物，即奇技而非淫巧”，必须认真加以学习，而不能盲目自大，自甘落后，为此，他提出一套具体方案，不但包括了官办军事工业，改进军队武器装备的内容，而且提出了兴办民用工业，允许商民自由兴办工业的主张。其中包含了例如：“量天尺、千里镜、龙尾车、凤锯、水锯、火轮舟、自来火、自转碓、千金秤之属，凡有益民用者，皆可于此造之”，主张以后“沿海商民，有自愿仿设厂局，以造船械，或自用，或出售者，听之”。他还倡议“立译馆翻夷书”，并“于闽粤二省武试，增设水师一科，有能造西洋战舰、火轮舟、造飞炮火箭、水雷奇器者，为科甲出身”，以奖励科学发明。他认为这样做，即可以“尽得西洋之长技为中国之长技”，逐步改变中国的落后面貌，从而达到“制夷”之目的。他满怀着民族自豪感，对中华民族的智慧才能充满信心，认为“中国智慧无所不有”，中国“人材非不足”，“材料非不足”，中国有着丰富的矿藏和资源，具有自己的有利条件。他相信中国人民有能力掌握西方的新式生产技术，可以逐步做到“不必仰赖于外夷”，指出只要经过努力，若干年后，必然“风气日开，智慧日出，方见东海之民，犹西海之民”，中国一定能富强起来，赶上并超过西方资本主义国家。
推崇民主
魏源不仅主张学习西方的先进生产技术，而且也很推崇和歆慕资本主义国家的民主制度。他称誉瑞士“不设君位，不立王侯”，“推择乡官理事”，是“西方桃花源”。又说“墨利加北洲(指美国)之以部落代君长，可垂奕世而无弊”。在封建专制制度长期统治下的当时中国，敢这样赞美没有君主和皇帝的政治制度，不能不说是很有胆识的见解。
赋税思想
在赋税问题上，魏源主张培植和保护税源，指出“善赋民者，譬植柳乎，薪其枝而培其本根”。他指责苛重税敛，“不善赋民者，譬则剪韭乎，日剪一畦，不罄不止”，认为重税破坏了纳税人的财产，也就破坏了国家赖以生存的基础“彼贪人为政也，专脧富民；富民渐罄，复脧中户；中户复然，遂致邑井成墟”，“有因何不种稻稷？秋收不给两忙税，洋银价高漕斛大，纳过官粮余秸秷。”魏源主张国家利用赋税手段保护工商业的发展，认为“士无富民则国贫，士无中户则国危，至下户流亡而国非其国矣”。他所强调的富民主要是指工商业者。提出这一思想。有助于民族资本主义在中国的发展。魏源还对生产经营成本高低的原因及其对财政税收的影响作了一定的分析，例如他认为淮盐成本之高是由于细商所支付的浮费和勒索太多。如果废除细商专卖制度允许散商凭票运销，即可大大降低成本从而降低价格，这样既可促进食盐销售，抵制走私，又可增加国家的盐税收入。魏源的这一观点在我国19世纪以前的经济思想中是极为罕见的。